En 1966, le Dépôt des Archives d’outre-mer ouvre ses portes au public dans le quartier des facultés à Aix-en-Provence. Un grand ensemble universitaire vient d’être construit et le directeur des archives de France de l’époque, André Chamson, y a vu une opportunité pour accueillir les archives rapatriées des anciennes colonies et de l’Algérie, qui, pour certaines, étaient en France depuis 1954 et réparties sur tout le territoire.
En 1986, les archives de l’ancien ministère des Colonies, installées à Paris rue Oudinot depuis 1910, viennent compléter cet ensemble. Une extension est inaugurée en 1987 pour les accueillir.
En 1994, les archives du premier empire colonial conservées à Paris aux Archives nationales rejoignent Aix, suivies en 1995 des archives économiques intéressant l’outre-mer.
Les ANOM sont un lieu incontournable pour toute recherche en histoire coloniale. Tous les fonds attestent des aspects multiples de la présence française outre-mer, de l’occupation simple à la conquête, l’exploration, la mise en valeur, les rapports entre Français et populations locales. Ils sont le reflet d'une histoire mouvementée. Les archives en métropole ont suivi les aléas de l’administration coloniale. Elles ont souvent déménagé, changé fréquemment de bureau de rattachement, ont été traitées de manière différente par chaque archiviste. Il faut attendre 1920 pour que naisse enfin un véritable service d’archives au ministère des Colonies. Les archives territoriales, quant à elles, ont eu pendant longtemps une existence précaire. Selon les territoires, de véritables services d’archives n’ont vu le jour qu’au début, voire au milieu du XXe siècle. Cette précarité institutionnelle est aggravée par les mauvaises conditions climatiques et de conservation, le manque de personnel qualifié, enfin les rapatriements souvent hâtifs au moment des indépendances.
C’est une des raisons pour lesquelles les ANOM, sous l’impulsion des Archives de France, ont joué un rôle de pionnier dans la mise à disposition des ressources scientifiques et généalogiques via Internet. Depuis plus de 10 ans, une politique extrêmement active de numérisation des documents originaux et de publication d'instruments de recherche leur permet de répondre à un public qui exprime régulièrement des attentes renouvelées.